Do 31 sierpnia 1939 roku fabryka działała pełną parą, zatrudniając 950 robotników i 54 urzędników. Po 1 września większość pracowników została powołana do wojska, a pracownice uciekły, co doprowadziło do zatrzymania produkcji w wielu działach. W chwili wkroczenia Niemców do Sosnowca, 4 września, w przędzalni Schoenów znajdowało się 90 samoprzędzarek z 58.680 wrzecionami. W listopadzie na polecenie Centralnego Urzędu ds. Wełny w Berlinie, działalność zakładu została wznowiona, ale zakład pracował zaledwie w 1/3 swojej wydajności na jedną zmianę, pod ścisłą kontrolą władz hitlerowskich i przy okrojonej załodze, a produkty mógł sprzedawać wyłącznie „aryjskim” przedsiębiorcom. Dyrekcja deklarowała gotowość pełnego wsparcia niemieckiego wysiłku wojennego, zatrudnienie niemieckich fachowców i urzędników oraz przestawienie produkcji na wytwarzanie przędzy dla Wehrmachtu, policji i Służby Pracy Rzeszy. Część rodziny Schoen (Wilhelm, Georg i Aleksander) podpisała volkslistę. Nie ma wątpliwości, że te działania nie były wyrazem poparcia dla hitlerowskich władz okupacyjnych, ale próbą utrzymania się na powierzchni w trudnych warunkach wojennych. Dla zachowania pozorów Schoenowie przyjęli do pracy na wyższym stanowisku niemieckiego urzędnika, choć w rzeczywistości fabryką kierowali polscy prokurenci .
Wiele osób po wojnie podkreślało propolską działalność Schoenów w czasie okupacji. Jako obywatele niemieccy z Volkslisty, mieli oni swoisty immunitet i wykorzystywali to bez skrupułów przeciwko samym Niemcom. Wilhelm Schoen ofiarował 25 tys. marek niemieckich na pomoc dla Związku Walki Zbrojnej, a w 1943 roku schronienie w pałacu znalazł komendant śląskiego okresu AK Zygmunt Waler-Janke (to on miał podobno doradzić Schoenom ucieczkę z Sosnowca przed wkroczeniem tu Armii Czerwonej), który dostał klucz do prywatnej furtki i mógł przychodzić i wychodzić, kiedy tylko potrzebował . Elsa tyle razy interweniowała w sprawie uwolnienia różnych osób, że w końcu jej samej zagrożono więzieniem. Dodatkowo, Schoenowie mieli prawo używać w domu radioodbiornika (wszystkim innym, poza Niemcami, zostały one zarekwirowane), który udostępnili polskiemu podziemiu – w ten sposób do walczących Polaków docierały meldunki z Londynu . Po przegranym Powstaniu Warszawskim Schoenowie przyjęli do siebie wielu uchodźców ze stolicy. Członkowie rodzin pracowników ich zakładów, którzy zostali aresztowani przez Niemców, dostawali normalne wynagrodzenie a Elsa przez cały okres wojny prowadziła kuchnię dla ubogich, wpierała finansowo lub zatrudniała w pałacu osoby, które pozostawały w trudnej sytuacji materialnej. Dużo pań z inteligencji pracowało w ogrodzie i parku, unikając w ten sposób wywozu do Niemiec .
W 1942 roku Niemcy ewakuowali pracowników zakładów „C.G. Schoen” z kolonii robotniczej na ulicy Chemicznej i rozpoczęli tworzenie tam getta żydowskiego. Członkowie rodziny Schoenów mogli już tylko bezradnie patrzeć na dręczonych Żydów i ich wywózki do obozów zagłady. Tutaj rozlega się wielki płacz i krzyk, ponieważ znowu wielu Żydów zostało wysiedlonych, a ciotka Ali i wujek Roman [Alicja Nordman i Roman Lamprecht, dzieci Fanny – dop. A.M.] zastanawiają się jak przy tym coś dla nich zrobić – pisała Fanny do wnuczki Ewy. Paru Żydów Schoenowie ukryli w kotłowni w pałacu na Środulce, a Wilhelm Schoen, zatrudnił na stanowisku swojego pełnomocnika niemieckiego Żyda, Ernesta Bruehla (swojego kontrahenta), dzięki czemu udało się uratować całą jego rodzinę .
Losy synów Wilhelma i Elsy potoczyły się bardzo różnie. Borys Schoen walczył w kampanii wrześniowej jako oficer wojska polskiego. Dostał się do niewoli radzieckiej i cudem uniknął śmierci w Katyniu, a potem z armią gen. Andersa walczył na wschodzie i pod Monte Cassino, gdzie został ranny. dotarł do Palestyny i tam na skutek odniesionych ran zmarł. Pochowany jest na polsko-brytyjskim cmentarzu wojskowym w Ramallah. Aleksander Schoen służył w niemieckim wojsku, ale zdezerterował i pod zmienionym nazwiskiem przetrwał wojnę działając w ruchu oporu, jako łącznik AK, w Zawierciu. Paul Alfred Schoen samookaleczył się (złamał sobie nogę), aby uniknąć wcielenia do niemieckiego wojska. Po tych wydarzeniach miał wyjechać do Anglii i służyć w RAF, po wojnie miał też brać dział w dokumentowaniu zbrodni nazistów w KL Auschwitz. Ostatecznie osiadł w Brazylii.
Gdy było już wiadomo, że Niemcy wojny nie wygrają a do Sosnowca nieuchronnie zbliżała się Armia Czerwona, pozostała przy życiu rodzina Schoenów podzieliła się. Część została w Polsce, część opuściła miasto, wiedząc, że Sowieci będą mieć co najmniej dwa powody, by pomóc im opuścić ten świat – Schoenowie byli nie tylko niemieckimi obywatelami, ale też zamożną przemysłową burżuazją. Georg Schoen (syn Wilhelma i Elsy Schoenów) z żoną oraz Marie Luise wraz z rodziną przez Holandię wyemigrowali do Brazylii. Wraz z nimi wyjechała wówczas ich matka Elsa Schoen. Rodzinie udało się wywieźć część gotówki, biżuterię, futra i obrazy, co pozwoliło im dość przyzwoicie urządzić się za oceanem. Wilhelm Schoen nie zdążył dołączyć do żony i dzieci, zmarł w 1945 roku w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach.
Aleksander Schoen został po wojnie w Polsce, pracując początkowo jako kierownik w Zakładach Konfekcji Włókienniczej POLNAM w Częstochowie. Potem został zdegradowany – komunistyczne władzy były wobec niego nieufne z powodu pochodzenia. W 1955 roku zmarła na dyfteryt jego córeczka Magdalena, urodzona jeszcze w trakcie wojny. Na cmentarzu ewangelickim w Sosnowcu znajduje się jej nagrobek, podpisany „Magdusia Schon” z datami życia 1943-1955. Żona Aleksandra, Elżbieta wraz z drugą córką Zuzanną w latach 60-tych wyjechały do Paryża.
Warto nadmienić, że w okresie II wojny światowej w zabudowaniach byłej fabryki Schoena przy ul. 1 Maja funkcjonowały organy nazistowskiej represji, od października 1939 r. Judenlager, od 1 kwietnia do 20 maja 1940 obóz przejściowy (jego więźniowie polityczni trafiali do KL Auschwitz), a następnie, aż do 1941 roku Policyjne Więzienie Zastępcze.
Wraz z końcem II wojny, z powojennego chaosu wyłoniło się nowe państwo – socjalistyczna Polska Ludowa. Dla najbogatszych warstw społecznych nie był to dobry czas. Nie tylko utracili swoje uprzywilejowane pozycje w społeczeństwie, ale zostali pozbawieni majątków i przedsiębiorstw. Przędzalnia Schoena, podobnie jak dziesiątki innych fabryk, została znacjonalizowana i wraz z dawną przędzalnią Heinricha Dietla działała w ramach Zjednoczonych Zakładów Przemysłu Wełnianego C. G. Schön i H. Dietel. Potem przedsiębiorstwo wielokrotnie zmieniało nazwę, przez chwilę przędzalnie rozdzielono, potem znów połączono. Od 1967 roku funkcjonowały oddzielnie: Przędzalnia Czesankowa ,,Politex” (dawne zakłady Dietla) oraz Przędzalnia Czesankowa „Intertex” (dawne zakłady Schoena) i pod tymi nazwami kojarzą je obecnie mieszkańcy Sosnowca. Obie obecnie są zlikwidowane.